سيد على حسینی خامنه‌اى فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمين حاج سيد جواد حسينى خامنه‌اى، در فروردین‌ماه سال ۱۳۱۸ شمسی برابر با ۱۳۵۸ قمرى در مشهد مقدس چشم به دنيا گشود. او دومين پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سيد جواد خامنه‌اى هم مانند بيشتر روحانيون و مدرسان علوم دينى، بسيار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خيلى پارسا و گوشه‌گير […] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت. من يادم هست شب‌هايى اتفاق مى‌افتاد كه در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شام تهيه مى‌كرد. […] آن شام هم نان و كشمش بود.»
رهبر انقلاب از دوران كودكى در خانواده‌اى فقير اما روحانى پرورش يافتند و از چهار سالگى به همراه برادر بزرگشان سيد محمد برای یادگیری الفبا و قرآن مجید، به مكتب‌خانه رفتند و پس از آن در مدرسه‌ی تازه‌تأسيس اسلامى «دارالتعليم ديانتى» ثبت نام كردند و دوران تحصيل ابتدايى را در آن مدرسه گذراندند.
۱۳۳۰
سیدعلی از دوازده سالگی و با رفتن به مدرسه‌ی علمیه‌ی سلیمان‌خان و سپس نواب مشهد، پس از آموختن مقدمات علوم حوزوی، فراگیری دروس سطح همچون معالم، قوانین، شرح لمعه، رسائل، مكاسب و كفایه را از اساتیدی همچون حضرات آیات میرزا احمد مدرس یزدی، حاج شیخ هاشم قزوینی و سید جلیل حسینی سیستانی ادامه داد. اما آن استادی كه سیدعلی نوجوان از او استفاده‌های فراوانی در دروس سطح برد، كسی جز پدرش نبود؛ یعنی مرحوم آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای كه از آیات عظامی همچون نائینی و آقا سید ابوالحسن اصفهانی اجازه‌ی اجتهاد داشت. 
۱۳۳۴
شانزده سالگی سنی بود كه آقاسیدعلی حضور در درس خارج فقه آیت‌الله‌العظمی سید محمدهادی میلانی را آغاز كرد. ایشان همزمان در جلسات مرحوم حاج میرزاجوادآقا تهرانی نیز شركت می‌كرد. مباحث این جلسات بیشتر به نقد و رد كتاب فلسفه‌ی منظومه‌ی ملاهادی سبزواری می‌گذشت. علاوه بر این و به دلیل علاقه‌ی آقاسیدعلی به فلسفه و به سبب جوّ ضد فلسفه‌ی آن روزهای مشهد، او ناگزیر بود كه در درس مرحوم آقا شیخ رضا ایسی- از اساتید فلسفه‌ی مورد وثوق حضرت آیت‌الله میلانی- به صورت پنهانی و خصوصی شركت كند.
۱۳۳۶
هجدهمین سال زندگیِ آقاسیدعلی مقارن شد با عزم او برای حضور در نجف اشرف به قصد زیارت حرم امیرالمؤمنینعلیه‌السلام و درك كردن محضر و دروس بزرگان نجف. سیدعلی پس از حضوری كوتاه در این حوزه، درس اساتیدی همچون آیت‌الله العظمی سید محسن حكیم را بیشتر پسندید و تصمیم گرفت كه اگر پدرشان اجازه داد، در نجف بماند و به درس آن اساتید برود. به پدر نامه نوشت و از او برای ماندن و ادامه‌ی تحصیل در نجف اجازه خواست. پاسخ منفی شنید و لذا به امر پدر به مشهد بازگشت.
پس از برگشتن به مشهد و ادامه‌ی ارتباط با طلابی كه از قم برای زیارت حضرت علی بن موسی‌الرضا علیه‌السلام می‌آمدند، سید جوان مصمم شد برای رفتن به حوزه‌ی قم. در آن هنگام هدایت حوزه‌ی قم را آیت‌الله‌العظمی بروجردی زعامت می‌كرد و این حوزه به سوی شكوفایی و مركزیت علمی می‌رفت. پدر آقاسیدعلی اما كه راهنما و مشاور اصلی او بود، با ترك مشهد موافقت نكرد و این مخالفت ادامه یافت تا یك سال بعد.
۱۳۳۷
با شروع سال تحصیلی جدید حوزه، آقا سیدجواد خامنه‌ای رضایت داد كه فرزند فاضلش به قم هجرت كند. آقاسیدعلی به قم رفت و در مدرسه‌ی علمیه‌ی حجتیه مستقر شد. برادر بزرگترش سیدمحمد هم در آن‌جا طلبه بود. بانی ساخت این مدرسه‌ی علمیه -كه از دیگر مدارس آن زمانِ قم تازه‌سازتر بود- آیت‌الله‌العظمی حجت كوه‌كمره‌ای بود و طرح معماری آن را علامه سید محمدحسین طباطبایی داده بود.
آقاسیدعلی كه به‌زودی در بین هم‌مباحثه‌هایش به كثرت مطالعه و اشتغال درسی شهره شد. از آغاز ورودش به قم در درس خارج فقه حضرت آیت‌الله العظمی بروجردی شركت كرد. از همان ابتدا در دروس حاج‌آقا روح‌الله هم (حضرت امام خمینی رضوان‌الله‌علیه) نیز حضور یافت. از بركات حضور در این درس آقای بروجردی، نكات مهم رجالی بود كه استاد در آن بسیار متبحّر بود. تقریرات درس خارج فقه و اصول مرحوم امام و مرحوم آیت‌الله‌العظمی بروجردی هنوز نزد آیت‌الله خامنه‌ای باقی است؛ هرچند كه ساواك بسیاری از آنها را در دوران مبارزه از بین برد.
۱۳۴۰
در فروردین این سال حضرت آیت‌الله‌العظمی بروجردی به لقاء حضرت حق شتافت و مرجعیت امام خمینی رضوان‌الله‌علیهمطرح شد. سخنرانی‌های انتقادی امام و اعتراض‌های تند ایشان علیه اقدامات رژیم و شخص پهلوی دوم، پایه‌های قیام اسلامی در قم و زمینه‌های شكل‌گیری مبارزات را پی ریخت. شاگردان ایشان نیز هریك در سنگری به تبلیغ و روشنگری پرداختند و به دنبال تحكیم قیام و تثبیت مرجعیت و زعامت امام بودند.
۱۳۴۲
پس از حادثه‌ی یورش عوامل پهلوی به مدرسه‌ی فیضیه و با اوج‌گیری مبارزات طلاب و مردم متدین علیه رژیم، امام خمینی را دستگیر كردند و به تبعید فرستادند. پس از تبعید امام، شاگردان ایشان مبارزات را در قم و دیگر شهرها ادامه دادند. روش مبارزاتی امام سبب شده بود تا آقاسیدعلی -كه تحت تأثیر شخصیت انقلابی شهید نواب صفوی نیز بود- به انجام وظیفه‌ی روشنگری در مبارزات بپردازد. لذا ساواك دو بار او را دستگیر كرد. در همین سال امام خمینی او را به عنوان نماینده‌ی خود و برای ابلاغ پیام درباره‌ی مبارزه با رژیم شاه، نزد آیت‌الله‌العظمی میلانی در مشهد فرستادند. همه‌ی این‌ها در كنار فضای گرم درس و بحث و مباحثات علمی بود.
۱۳۴۳
در این سال آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای كه در مشهد ساكن بود، بینایی خود را از دست داد. این بدترین خبر برای آقاسیدعلی بود كه می‌خواست در قم بماند. او با وجود اصرار اساتید خود بر ماندنش در قم و از جمله اصرار آیت‌الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی –فرزند آیت‌الله‌العظمی حائری مؤسس–قصد عزیمت به مشهد مقدس كرد. در مدت تحصیل در قم، به غیر از امام خمینی و مرحوم آقای بروجردی، حضرات آیات شیخ مرتضی حائری در فقه و اصول و علامه سیدمحمدحسین طباطبایی در فلسفه، از دیگر اساتید آقاسیدعلی خامنه‌ای بودند. همچنین آقایان شیخ محمد حسین بهجتی شفق، حجت‌الاسلام محمدجواد حجتی كرمانی، حجت‌الاسلام سید جعفر شبیری زنجانی، آیت‌الله حاج شیخ مهدی باقری كنی و آیت‌الله ربانی املشی از هم‌مباحثه‌های نزدیك او به شمار می‌رفتند.
۱۳۴۴
پس از بازگشت به مشهد مقدس، پدر كه از اساتید اصلی او در سال‌های طلبگی بود، دیگر نابینا شده و از نعمت مطالعه محروم بود و آقاسیدعلی چشمان پدرش شد! او هر روز و در زمانی مشخص، چند ساعت برای پدر كتاب می‌خواند و همان متون را با او مباحثه می‌كرد.
تدریس رسائل و مكاسب و كفایه، آغاز تدریس تفسیر قرآن كریم و حضور مجدد در درس خارج فقه آیت‌الله‌العظمی میلانی -علیرغم اختلاف سلیقه در مبارزات سیاسی- بخشی از فعالیت‌های علمی روحانی ۲۶ ساله‌ی ساكن خیابان خسروی نو در مشهد مقدس بود.
۱۳۴۷-۱۳۵۷
مدرسه‌ی علمیه‌ی میرزا جعفر مشهد، شاهد جلسات تفسیر قرآن كریم بود كه به‌سرعت مورد استقبال طلاب قرار گرفت. «تفسیرِ فعّال قرآن» كه سیدعلی خامنه‌ای آن را تدریس می‌كرد، شیوه‌ی جدید و خاصی از تفسیر كلام‌الله مجید بود و طلاب را روزبه‌روز به بهره‌گیری از آموزه‌های قرآن ترغیب می‌كرد. این جلسات به دلیل استقبال زیاد و مباحث مبارزاتی مطرح‌شده در كنار تدریس رسائل و مكاسب و كفایه، با ممانعت‌های مكرر عوامل رژیم پهلوی مواجه شد. این اتفاق باعث شد تا این دروس از مسجد امام حسن مجتبی علیه‌السلام به مسجد كرامت و پس از آن به مساجد رضایی، قبله و… منتقل شود. این جلسات كه دیگر به محل حضور دانشجویان نیز تبدیل شده بود، به دلیل بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای بارها متوقف و دوباره برگزار می‌شد تا این‌كه در سال ۱۳۵۶ به دلیل تبعید آیت‌الله خامنه‌ای به ایرانشهر، تعطیل شد.
ممنوع‌الخروج شدن از كشور به دلیل مبارزات انقلابی در مشهد، دستگیری‌های پیاپی و فعالیت‌های سیاسی باعث شد تا سیدعلی حسینی خامنه‌ای نتواند برای ارتباط‌گیری از نزدیك با امام خمینی به نجف اشرف برود، اما ماندن در مشهد و پركردن خلأ فكری و ایدئولوژیك كه پیش از این برای جریان مبارزه وجود داشت، موجب شد تا جلسات مستمر با شهید مرتضی مطهری پیگیری شود و محصول آن جلسات «تدوین ایدئولوژی اسلامی» باشد.
۱۳۶۹ تا امروزاز سال ۱۳۶۹ شمسی، درس خارج فقه آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای آغاز شده و تا كنون ادامه دارد. جهاد، موسیقی، غیبت، قصاص و… از مباحثی است كه تا كنون در درس خارج ایشان تدریس شده است.
ب. مبارزات سياسى
آيت‌الله خامنه‌اى به گفته‌ی خودشان «از شاگردان فقهى، اصولى، سياسى و انقلابى امام خمينى قدّس‌سرّه» هستند و نخستين جرقه‌هاى سياسى و مبارزاتى ایشان و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهيد راه اسلام شهيد «سيد مجتبى نواب صفوى» در ذهن ايشان زده است؛ هنگامی كه نواب صفوى با عده‌اى از فدایيان اسلام در سال ۱۳۳۱ به مشهد رفتند و در مدرسه‌ی سليمان‌خان، سخنرانى پرهيجان و بيداركننده‌اى در موضوع احياى اسلام و حاكميت احكام الهى و نیز فريب و نيرنگ شاه و انگليس و دروغگويى آنان به ملت ايران، ايراد كردند.
«همان وقت جرقه‌هاى انگيزش انقلاب اسلامى به وسيله‌ی نواب صفوى در من به وجود آمده و هيچ شكى ندارم كه اولين آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن كرد.»
همراه با نهضت حضرت امام خمينى قدّس‌سرّه
آيت‌الله خامنه‌اى از سال ۱۳۴۱ كه در قم حضور داشتند و از زمانی كه حركت انقلابى و اعتراض‌آميز امام خمينى عليه سياست‌هاى ضد اسلامى و آمريكاپسند محمدرضا شاه پهلوى آغاز شد، وارد ميدان مبارزات سياسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشيب‌هاى فراوان و شكنجه‌ها و تعبيدها و زندان‌ها مبارزه كردند و در اين مسير از هيچ خطرى نترسيدند.
نخستين بار در محرم سال ۱۳۸۳ ﻫ.ق از سوى امام خمينى قدّس‌سرّهمأموريت يافتند كه پيام ايشان را به آيت‌الله‌العظمی ميلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه‌هاى تبليغاتى روحانيون در ماه محرم و افشاگرى عليه سياست‌هاى آمريكايى شاه و اوضاع ايران و حوادث قم برسانند. ايشان اين مأموريت را انجام دادند و خود نيز براى تبليغ، عازم شهر بيرجند شدند و در راستاى پيام امام خمينى، به تبليغ و افشاگرى عليه رژيم پهلوى و آمريكا پرداختند. به اين خاطر در ۹ محرم «۱۲ خرداد ۱۳۴۲» دستگير و يك شب بازداشت شدند و فرداى آن با اين شرط آزاد شدند كه منبر نروند و تحت نظر باشند. با پيش آمدن حادثه‌ی خونین ۱۵خرداد، باز هم ایشان را از بیرجند به مشهد آوردند، تحویل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آن‌جا با سخت‌ترین شرایط و شكنجه و آزارها زندانى شدند.
دومين بازداشت
در بهمن ۱۳۴۲ -رمضان ۱۳۸۳ ﻫ.ق- آیت‌الله خامنه‌اى با عده‌اى از دوستانشان بر اساس برنامه‌ی حساب‌شده‌اى به مقصد كرمان حركت كردند. پس از دو سه روز توقف در كرمان و سخنرانى و منبر و ديدار با علما و طلاب آن شهر عازم زاهدان شدند. سخنرانى‌ها و افشاگرى‌هاى پرشور ايشان و به‌ويژه در ايام ششم بهمن -سالگرد انتخابات و رفراندوم رژیم شاه- مورد استقبال مردم قرار گرفت. در روز پانزدهم رمضان كه مصادف با ميلاد امام حسن علیه‌السلام بود، صراحت و شجاعت و شور انقلابى ايشان در افشاگرى سياست‌هاى شيطانى و آمريكايى رژيم پهلوى، به اوج رسيد و ساواك شبانه ايشان را دستگير و با هواپيما روانه‌ی تهران كرد. رهبر بزرگوار، حدود دو ماه در زندان قزل‌قلعه -به صورت انفرادى- زندانى شدند و انواع اهانت‌ها و شكنجه‌ها را تحمل كردند.
سومين و چهارمين بازداشت
كلاس‌هاى تفسير و حديث و انديشه‌ی اسلامى ايشان در مشهد و تهران با استقبال كم‌نظير جوانان پرشور و انقلابى مواجه شد. همين فعاليت‌ها سبب عصبانيت ساواك شد و ايشان را مورد تعقيب قرار دادند. به اين خاطر در سال ۱۳۴۵ در تهران مخفيانه زندگى مى‌كردند و يك سال بعد -۱۳۴۶- دستگير و محبوس شدند. همين فعاليت‌هاى علمى و برگزارى جلسات و تدريس و روشنگرى عالمانه و مصلحانه بود كه موجب شد آن بزرگوار بار ديگر توسط ساواك جهنمى پهلوى در سال ۱۳۴۹ نيز دستگير و زندانى كردند.
پنجمين بازداشت
حضرت آيت‌الله خامنه‌اى درباره‌ی پنجمين بازداشت خويش توسط ساواك مى‌نويسد:
«از سال ۴۸ زمینه‌ی حركت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاه‌هاى جارى رژیم پیشین نیز نسبت به من -كه به قرائن دریافته بودند چنین جریانى نمى‌تواند با افرادى از قبیل من در ارتباط نباشد- افزایش یافت. سال ۵۰ مجدداً و براى پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهاى خشونت‌آمیز ساواك در زندان آشكارا نشان مى‌داد كه دستگاه از پیوستن جریان‌هاى مبارزه مسلحانه به كانون‌هاى تفكر اسلامى به‌شدت بیمناك است و نمى‌تواند بپذیرد كه فعالیت‌هاى فكرى و تبلیغاتى من در مشهد و تهران از آن جریان‌ها بیگانه و به كنار است. پس از آزادى، دایره‌ی درس‌هاى عمومى تفسیر و كلاس‌هاى مخفى ایدئولوژى و… گسترش بیشترى پیدا كرد.»
بازداشت ششم
در بين سال‌هاى ۱۳۵۰ تا ۱۳۵۳ درس‌هاى تفسير و ايدئولوژى آيت‌الله خامنه‌اى در سه مسجد «كرامت»، «امام حسنعلیه‌السلام» و «ميرزا جعفر» مشهد مقدس تشكيل می‌شد و هزاران نفر از مردم مشتاق به‌ويژه جوانان آگاه و روشنفكر و طلاب انقلابى و معتقد را به اين سه مركز مى‌كشاند و با تفكرات اصيل اسلامى آشنا مى‌ساخت. درس نهج‌البلاغـه‌ی ايشان از شور و حال ديگـرى برخوردار بود و در جزوه‌هاى پلى‌كپى‌شده تحت عنوان: «پرتوى از نهج‌البلاغه» تكثير و دست به دست مى‌گشت. طلاب جوان و انقلابى كه درس حقيقت و مبارزه را از محضر ايشان مى‌آموختند، با عزيمت به شهرهاى دور و نزديكِ ايران، افكار مردم را با آن حقايق نورانى آشنا و زمينه را براى انقلاب بزرگ اسلامى آماده مى‌ساختند.
اين فعاليت‌ها موجب شد كه در دى ماه ۱۳۵۳ ساواك بى‌رحمانه به خانه‌ی آيت‌الله خامنه‌اى در مشهد هجوم ببرد و ايشان را دستگير و بسيارى از يادداشت‌ها و نوشته‌های ایشان را ضبط كنند. اين ششمين و سخت‌ترين بازداشت ايشان بود و تا پاييز ۱۳۵۴ در زندان كميته‌ی مشترك تهران زندانی بودند. در اين مدت در سلولى با سخت‌ترين شرايط نگهداشته شدند. سختى‌هايى كه ايشان در اين بازداشت تحمل كردند، به تعبير خودشان «فقط براى آنان كه آن شرايط را ديده‌اند» قابل فهم است.
پس از آزادى از زندان، به مشهد مقدس برگشتند. باز هم همان برنامه و تلاش‌هاى علمى و تحقيقى و انقلابى ادامه داشت. البته ديگر امكان تشكيل كلاس‌هاى سابق را به ايشان ندادند.
در تبعيد
رژیم پهلوى در اواخر سال ۱۳۵۶، آیت‌الله خامنه‌اى را مجدداً دستگیر و براى مدت سه سال به شهر ایرانشهر تبعید كرد. البته در اواسط سال ۱۳۵۷ و در پی اوج‌گيرى مبارزات مردم مسلمان و انقلابى ايران، ايشان از تبعيدگاه آزاد شدند و به مشهد مقدس بازگشتند و در صفوف مقدم مبارزات مردمى عليه رژيم پهلوى قرار گرفتند. پس از پانزده سال مبارزه‌ی مردانه و مجاهدت و مقاومت در راه خدا و تحمل آن‌همه سختى و تلخى، ثمره‌ی شيرين قيام و مقاومت و مبارزه؛ يعنى پيروزى انقلاب كبير اسلامى ايران و سقوط خفّت‌بار حكومتِ سراسر ننگ و ظالمانه‌ی پهلوى و برقرارى حاكميت اسلام در اين سرزمين را ديدند.
در آستانه‌ی پيروزى
در آستانه‌ی پيروزى انقلاب اسلامى و پيش از بازگشت امام خمينى از پاريس به تهران، «شوراى انقلاب اسلامى» با شركت افراد و شخصيت‌هاى مبارزى همچون شهيد مطهرى، شهيد بهشتى، هاشمى رفسنجانى و … در ايران تشكيل گرديد. آيت‌الله خامنه‌اى نيز به فرمان امام بزرگوار به عضويت اين شورا درآمدند. پيام امام توسط شهيد مطهرى به ايشان ابلاغ گرديد و با دريافت پيام رهبر كبير انقلاب، از مشهد به تهران آمدند.
پس از پيروزى انقلاب اسلامی
آيت‌الله خامنه‌اى پس از پيروزى انقلاب اسلامى نيز همچنان پرشور و پرتلاش به فعاليت‌هاى ارزشمند اسلامى و در جهت نزديك‌تر شدن به اهداف انقلاب اسلامى پرداختند كه همه در نوع خود و در زمان خود بى‌نظير و بسيار مهم بودند كه در اين مختصر فقط به ذكر رئوس آنها مى‌پردازيم:
پایه‌گذارى «حزب جمهورى اسلامى» با همكارى و همفكرى علماى مبارز و هم‌رزم خود: شهید بهشتى، شهید باهنر، حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمى رفسنجانى و… دراسفندماه ۱۳۵۷
معاونت وزارت دفاع در سال ۱۳۵۸
سرپرستى سپاه پاسداران انقلاب اسلامى در سال ۱۳۵۸
امام جمعه‌ی تهران، ۱۳۵۹
نمایندگی امام خمینی قدّس‌سرّه در شوراى عالى دفاع، ۱۳۵۹
نمایندگی مردم تهران در مجلس شوراى اسلامى، ۱۳۵۸
حضور در جبهه‌هاى دفاع مقدس.
ترور نافرجام ایشان توسط منافقین در ششم تیرماه ۱۳۶۰ در مسجد ابوذر تهران.
دو دوره ریاست‌جمهورى اسلامی ایران با رأی قاطع ملت.
ریاست شوراى انقلاب فرهنگی، ۱۳۶۰
ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، ۱۳۶۶
ریاست شوراى بازنگرى قانون اساسى، ۱۳۶۸
ولی‌فقیه و رهبر انقلاب اسلامی ایران.
از روز چهاردهم خرداد سال ۱۳۶۸، پس از رحلت رهبر كبیر انقلاب امام خمینى (قدس سره) توسط مجلس خبرگان رهبرى به این مقام و مسئولیت عظیم انتخاب شدند.
